Отделение детской ортопедии было организовано в 1968 г. С первых дней организации в отделении работали видные ученые нашей республики профессора Б.И.Берлинер, Н.М.Шаматов. Отделением руководила к.м.н. Р.А. Ахмеджанова. Они внесли много нового и эффективного в становлении детской ортопедической службы в институте и в Республике. В1974 году было организовано отделение деформации верхних и нижних конечностей, которое в 1994 г. было переименовано в отделение детской ортопедии. С 1974 по 2004 г.г. отделением рукой водил талантливый ученый д.м.н., профессор Б.М. Миразимов. Под руководством проф. Б.М. Миразимова были подготовлены и защищены 6 докторских и 17 кандидатских диссертаций. С 2004 г. руководителем отделения назначен один из учеников проф. Б.М. Миразимова д.м.н., профессор А.М. Джураев.
В годы независимости в отделении разработаны 6 методик лечения заболеваний тазобедренного сустава, предложены 8 различных устройств для коррекции патологии стопы и конечностей и получены 16 патентов, 8 удостоверений на новые программы. Разработанные в отделении способы лечения болезни Пертеса и других асептических некрозов головки бедра, врожденного и патологического вывиха бедра и разгибательно-отводящей контрактуры тазобедренного сустава направлены на создание благоприятных условий для развития тазобедренного сустава путем оптимальной реконструкции проксимального конца бедренной кости в сочетании с костной и сухожильно-мышечной пластикой. Предложенные устройства широко применяются для коррекции элементов косолапости, плоскостопия, используются для фиксации костных фрагментов при операциях на суставах.
Кроме того, разработаны два варианта шин для раннего лечения детей врожденным вывихом бедра, которые позволяют в период фиксации устранить ротационные изменения в нижней конечности.
За последние 10 лет сотрудниками отделения опубликованы свыше 70 Журнальных статей, 100 тезисов в сборниках НПК и съездов, 8 методических рекомендаций. Подготовлены и защищены 7 кандидатских диссертаций. В целях повышения квалификации и обмена опытом сотрудники более 20 раз находились в ведущих учреждениях травматологии и ортопедии стран СНГ: ЦИТО-Москва НИДОИ им. Турнера-Санкт-Петербург, Уральский НИИТО-Екатеринбург, Курганский НИИТО и др.